突然襲向全世界的一個前所未有的大災難「第二次衝擊」。這災害令接近半數人類死亡,世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第3新東京市。
當他正等待迎接時,眼前的山間突然出現一隻巨型生物!這是被稱為「使徒」的神秘存在,它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及,陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。
乘坐美里的車來到特務機關NERV總部,真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而,真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器,更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人Evangelion初號機的相遇。
雖然真嗣採取反抗態度,但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後,終於否定了逃避念頭,決意出擊。在未受任何訓練之下,首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。